第二次新吉翁战争结束十二年后，地球联邦维持着腐朽高压的统治，持续压榨地球居民。哈萨维・诺亚以化名马夫蒂・纳比尤・艾林，领导反政府武装“马夫蒂”，通过暗杀联邦高官展开抗争。第一部结尾，哈萨维驾驶Ξ高达从菲律宾达沃突围，与新人类少女琪琪・安达露西亚短暂相遇，联邦军上校肯尼斯・斯雷格组建专门讨伐马夫蒂的喀耳刻部队，本片由此得名。
奥恩贝利的汇合
哈萨维带领马夫蒂主力抵达澳洲北部的奥恩贝利，当地一支由法比奥・利维拉指挥的地方反抗武装，痛恨联邦军队对民众的暴行，却未与马夫蒂核心领导层正式联络。哈萨维击溃当地联邦金伯利部队，俘虏金伯利将军，收编法比奥的奥恩贝利方面军，扩充了马夫蒂的战力。
琪琪游走于各方势力之间，她并非革命者，拥有新人类感知能力，被联邦权贵视作“幸运的护身符”。她周旋于贵族鲍丁伍德伯爵，同时被肯尼斯看重，对方希望利用她的NT感应预判哈萨维的行动。但琪琪内心对哈萨维抱有很深的感情，既不希望他死去，也无法彻底投身反抗运动。
肯尼斯筹备阿德莱德会议的防御与围剿部署，同时收到联邦刑事警察机构汉德利・约克桑的秘密密约。警察机构与军方各有算盘，约克桑希望跳过军方直接抓捕哈萨维，双方互相猜忌利用。佩涅罗佩在达沃一战受损严重，驾驶员雷恩・艾姆无法立刻出战，联邦只能调配其他MS填补战力缺口。
情报欺骗与海上损失
马夫蒂将联邦即将在阿德莱德召开的内阁会议定为最大袭击目标，联邦故意放出虚假情报，宣称会议改至广州设下圈套。琪琪辗转前往香港，这里是各方情报交易的枢纽，财阀、联邦特务、马夫蒂间谍在此交错。她向联邦提供模糊的感应线索，同时暗中给马夫蒂泄露部分关键信息，成为左右战局的变数。
联邦放出会议改至广州的假消息，引发马夫蒂内部分歧，法比奥信以为真，打算将兵力调往达尔文。哈萨维识破圈套，将计就计，让奥恩贝利方面军在达尔文发动佯攻，制造主力扑向广州的假象，掩护真正目标阿德莱德。马夫蒂主力船队分批秘密南下，横穿澳洲大陆，途经艾尔斯岩向阿德莱德移动。
航行途中，联邦海军截击马夫蒂伪装运输船，击沉代号M3的英勇号，马夫蒂损失大量人员与物资。运输机准备降落达尔文时，琪琪的新人类直觉发出危险预警，肯尼斯紧急下令规避，仍有两架运输机遭地面火箭筒伏击摧毁，仅主机勉强脱险。
艾尔斯岩决战
马夫蒂与喀耳刻部队在艾尔斯岩一带爆发大规模会战，哈萨维驾驶Ξ高达出战。激战中，Ξ高达外层伪装装甲被炮火剥落，露出高达本体，象征哈萨维撕下“马夫蒂”的伪装外壳，展露本人的真实面目。
战场混乱中，琪琪只身闯入交战区域，来到Ξ高达面前要求哈萨维摘下面罩。哈萨维打开头盔面罩，两人在驾驶舱内重逢，琪琪哭着恳求他放弃袭击阿德莱德。哈萨维清楚革命道路没有回头路，为保护琪琪，刻意表现冷漠推开对方，斩断两人羁绊。
这场战斗马夫蒂蒙受惨重损失，作战计划被迫打乱，本片收束留下悬念，故事并未结束，将由第三部剧场版完成最终决战与结局。
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