第二次新吉翁战争结束十二年后，地球联邦的统治愈发腐朽高压，持续压榨地球居民。哈萨维・诺亚化名马夫蒂・纳比尤・艾林，领导反政府武装“马夫蒂”，以暗杀联邦高官的方式展开抗争。本片聚焦马夫蒂与联邦的对抗，围绕各方势力的博弈推进剧情。
三方势力的初步汇合
哈萨维带领马夫蒂主力抵达澳洲北部的奥恩贝利，当地有一支由法比奥・利维拉指挥的地方反抗武装，他们痛恨联邦军队的暴行，却未与马夫蒂核心领导层正式联络。哈萨维击溃当地联邦金伯利部队，俘虏金伯利将军，收编法比奥的奥恩贝利方面军，扩充了马夫蒂的战力。
琪琪・安达露西亚拥有新人类感知能力，被联邦权贵视作“幸运的护身符”。她周旋于贵族鲍丁伍德伯爵之间，同时被联邦军上校肯尼斯・斯雷格看重，对方希望利用她的NT感应预判哈萨维的行动。琪琪内心对哈萨维抱有深厚感情，既不希望他死去，又无法彻底投身反抗运动，陷入矛盾。
肯尼斯组建了专门讨伐马夫蒂的特殊部队“喀耳刻部队”，同时收到联邦刑事警察机构汉德利・约克桑的秘密密约。警察机构与军方互相猜忌、利用，约克桑希望跳过军方直接抓捕哈萨维，拿到马夫蒂的全部情报。
情报博弈与途中危机
联邦放出虚假情报，宣称阿德莱德的重要内阁会议改至广州，以此迷惑马夫蒂并设下圈套。马夫蒂内部产生分歧，法比奥信以为真，打算将兵力调往达尔文。哈萨维识破圈套，将计就计，让奥恩贝利方面军在达尔文发动佯攻，掩护主力船队秘密南下，向阿德莱德进发。
航行途中，联邦海军截击马夫蒂的伪装运输船，击沉代号M3的“英勇号”，马夫蒂损失大量人员与物资。琪琪搭乘肯尼斯的运输机前往澳大利亚，降落达尔文时，她的新人类直觉发出危险预警，运输机遭地面火箭筒伏击，仅肯尼斯与琪琪所在的主机勉强脱险。
达尔文的危机让琪琪精神负担加重，她能清晰感知哈萨维内心的痛苦与死亡执念，不断试图通过精神感应呼唤他放弃革命。哈萨维被琪琪的心声扰动，唤醒了一年战争、夏亚叛乱时期的心理创伤，作为马夫蒂领袖，他只能强行压抑情感，内心不断撕裂。
艾尔斯岩的决战与悬念
马夫蒂与喀耳刻部队在艾尔斯岩一带爆发大规模会战，哈萨维驾驶Ξ高达出战。激战中，Ξ高达的外层伪装装甲被炮火剥落，露出高达本体，象征哈萨维撕下“马夫蒂”的伪装，展露真实面目。
琪琪只身闯入交战区域，来到Ξ高达面前，要求哈萨维摘下面罩。两人在驾驶舱内重逢，琪琪哭着恳求他放弃袭击阿德莱德。哈萨维明白自己的革命道路没有回头路，为保护琪琪，他刻意表现冷漠，斩断两人的羁绊。
这场战斗中马夫蒂蒙受惨重损失，作战计划被打乱。本片收束于此，留下巨大悬念：哈萨维将带领残存部队继续执行袭击内阁会议的计划，肯尼斯仍在追猎马夫蒂，约克桑的秘密阴谋也在暗处发酵，故事并未结束，将由第三部剧场版完成最终决战与结局。
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